我觉得不要太纠结原则这个东西。哪个方案能解决问题就用哪个方案，都能解决就选择最方便自己的。
如果通过 layering 更方便，就选择 layering ，没必要为了原则就非得避免更加方便的做法。
曾经我也想避免所有 layering ，全利用 distrobox 解决问题。
比如把 git 、zsh 、tmux 之类的包全装 distrobox 里，使所有开发环境能共享工具链，结果发现 tcpdump 、nvtop 之类的包需要装在 rootful 的容器下才能用。
等全部迁移到 rootrul 容器里之后，又发现启动容器得输入密码才能打开。
于是又同时使用两个容器：rootful 容器和非 root 的，只把必要的工具装 rootful 容器里，其他装非 root 的容器。
后来一通折腾下来发现，我还得想办法把带 systemd-service 的包也给迁移出来。
结果最终发现，与其为了一些原则而避免 layering ，反而带来更多麻烦。所以我现在如果 layering 方便就直接 layering 了。
layering 的缺点也有，比如安装后需要重启（虽然可以通过 apply-alive 缓解这个问题）。在安装新的包时，所有 layering 的包都会再被重新安装一遍，因此 layering 越多，每次安装速度也会越慢。
目前也有人提出利用 sysext 来安装一些包，从而避免每次更新都得重启：
https://travier.github.io/fedora-sysexts/我个人觉得 atomic desktop 还在发展中。包括 rpm-ostree 也在向 bootc 方向迁移。
因此各种方案都有，也不一定成熟。
最终会在哪种方案上稳定下来也还不确定，所以别纠结太多哪种方案了，选择自己方便的来吧。