作为 USTC 新入坑 FreeBSD 的用户，解释一下你这个情况。
如果是安装的 FreeBSD 11.X-RELEASE branch，pkg 的默认 repository 配置是用的 quarterly 仓库 [1]。
然后你应该是按照 [2] 这里的描述进行配置。这个是用户贡献的，应该是适用于旧版的配置。你可以对照一下，和现在的区别有两处：
a. url 用的是滚动更新的 latest repository，而不是更新较慢的 quarterly repository
b. signature_type 被设置成 none，不检查包的签名
你看到新的软件包，只是因为换用了 latest repository，你可以换成官方的试试，一样的。
至于为什么教程里 signature_type 被设置成 none，目前只能推测是贡献教程的用户自己没有启用新版 pkg 的签名功能。这个应该是 2013 年左右才默认启用的，根据 SVN 记录 [3] 官方应该花了一段时间部署公钥。我不了解当时的部署过程，但不排除一些用户更新遇到错误所以直接关掉了签名验证。
镜像本身应当是没有问题的，不过那个教程有些问题，我稍后会修改一下。很多镜像 USTC LUG 自己人也不会用到，所以靠的是社区贡献教程，难免有些过时或者错误的信息（尤其是用户少的）。如果发现问题可以到 [4] 提 PR 或 issue。
[1]
https://github.com/freebsd/freebsd/blob/release/11.1.0/etc/pkg/FreeBSD.conf[2]
https://mirrors.ustc.edu.cn/help/freebsd-pkg.html [3]
https://svnweb.freebsd.org/base/head/etc/pkg/FreeBSD.conf?revision=257159[4]
https://github.com/ustclug/mirrorhelp