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nonozone 所以你自己都没把问题搞清楚嘛;升级很可能会有配置文件变化,比如,我设想一个可能性:
旧版的总nginx.conf里面是include /etc/nginx/sites-enabled/*; 
后来打包者觉得不爽,改成include /etc/nginx/sites-enabled/*.conf;
那你如果后来添加的文件不是conf就不生效了;
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另外我不知道你的nginx是什么版本,最近的nginx change log 
http://nginx.org/en/CHANGES Changes with nginx 1.3.10                                        25 Dec 2012
    *) Change: now if the "include" directive with mask is used on Unix
       systems, included files are sorted in alphabetical order.
这个特性是最近添加的,影响到配置文件的作用顺序;
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所以你要搞清楚究竟是什么问题,什么叫没有生效,是nginx没有解释你加入的文件,还是你的文件存在语法问题、指令问题。