请教下后端 Java 大佬

最近小弟在家自学 java，刚刚自己搭建了一个 Maven 的 javaweb 项目，刚刚写了几个接口，遇到了一些问题，希望大家能指导下我，提前感谢~~

问题 list:

1.文件上传一般是放在什么地方呢?我现在是写了个 properties，里面配置了绝对路径，但是网上有的说存到 WEB-INF 下的 upload 文件夹，我也试了一下，发现路径怎么写都不对，不知道应该怎么写？（我想这文件应该不必存储到项目下，但是还是想弄清楚怎么将文件写入 WEB-INF/upload 下）

2.在封装 json 的时候，上传 markdown 我将 markdown 实例写到了 json 的 data 里面，但是上传其他文件的时候我想起来一个问题，难道还要再封装一个 Bean 来描述文件信息吗？（之所以要存 markdown 信息是因为我想回显上传内容），不知道实际开发中大佬们怎么做的？

3.现在还是不太清楚 Servlet 和 service 中代码怎么写，总是写着写着发现 Servlet 全干完了，Dao 中代码倒比较清晰，但是 Servlet 和 service 区分模糊的很，希望大佬能解释下。

上传文件的代码如下：

@WebServlet("/uploadFile/*")
public class UploadFile extends BaseServlet {
    private UploadFileService uploadFileService = new UploadFileServiceImpl();
    public void upload(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response) {
        response.setContentType("application/json;charset=utf-8;");
        boolean isMultipart = ServletFileUpload.isMultipartContent(request);  //判断 enctype 属性是否是 multipart/form-data
        try {
            if (isMultipart) {
                FileItemFactory factory = new DiskFileItemFactory();  //工厂实例
                ServletFileUpload upload = new ServletFileUpload(factory);  //ServletFileUpload 实例依赖于 FileItemFactory 工厂
                List<FileItem> itemList = upload.parseRequest(request);  //解析表单字段，封装成一个 FileItem 实例的集合
                Iterator<FileItem> iterator = itemList.iterator();  //迭代器
                while (iterator.hasNext()) {
                    FileItem fileItem = iterator.next();  //依次解析每一个 FileItem 实例，即表单字段
                    if (!fileItem.isFormField()) {
                        //文件表单字段
                        String fileUpName = fileItem.getName();  //用户上传的文件名
                        Properties properties = new Properties();
                        properties.load(UploadFile.class.getClassLoader().getResourceAsStream("client.properties"));
                        String fileDir = properties.getProperty("fileDir");
                        //默认存到 WEB-INF 下的 upload 文件夹  (构建项目后存到 target 目录下)
                        String pathName = UploadFile.class.getClassLoader().getResource("").getPath().replace("classes", "upload");
                        if (fileDir != null && !("".equals(fileDir))) {
                            pathName = fileDir;
                        }
                        SimpleDateFormat simpleDateFormat = new SimpleDateFormat("yyyy-MM-dd");
                        String dirName = pathName+ File.separator + simpleDateFormat.format(new Date());
                        File rebornDir = new File(dirName);
                        if (!rebornDir.isDirectory()) {
                            rebornDir.getAbsolutePath();
                            rebornDir.mkdirs();        //不存在目录时创建目录
                        }
                        File file = new File(rebornDir + File.separator + fileUpName);  //保存的文件
                        System.out.println(file);
                        if (!file.exists()) {
                            file.getAbsolutePath();
                            file.createNewFile();    //创建文件
                        }
                        fileItem.write(file);  //写入，保存到目标文件
                        String prefix = fileUpName.substring(fileUpName.lastIndexOf(".") + 1);
                        //如果是 markdown 文件的话需要存到数据库里面，其他格式的文件存到文件夹里面就行
                        Markdown addResult = null;
                        if("md".equals(prefix)){
                            addResult = uploadFileService.uploadMarkdownFile(file, "ceshi", 2, file.getPath());
                        }else{
                            addResult = null;
                        }
                        ResultInfo resultInfo = new ResultInfo();
                        resultInfo.setSuccess(true);
                        resultInfo.setMessage("上传成功！");
                        resultInfo.setData(addResult);
                        writeValue(response, resultInfo);
                    }
                }
            }
        } catch (Exception e) {
            e.printStackTrace();
            System.out.println("文件上传出现异常");
            ResultInfo resultInfo = new ResultInfo();
            resultInfo.setSuccess(false);
            resultInfo.setMessage("上传失败！");
            resultInfo.setData(null);
            writeValue(response, resultInfo);
        }
    }
}