这本质是两种思想的碰撞，JPA 的思维是 ORM，mybatis 则来自“sqlUtils”(sql 帮助工具)。
在关系数据库群雄争霸的那个时代，SQL 标准没有统一，在编程界的当时有一个迫切的需求：如果我半途要换关系数据库怎么办？不像现在这个 MySQL“称霸世界”(并没有)的时代，当时做到一半换数据库是真的常见的需求。而当时 SQL 作为一种 4GL 语言其实思想并没有广泛的被人接受，当时的业界还是面向对象的天下。于是就有人说：为什么不能用面向对象来映射关系数据库的表呢？这就是 ORM(Object Relational Mapping,对象关系映射)最初的思想来源。也是最主要的两个 ORM 库，Hibernate
和.Net Entity Framework 的指导思想。
时间飞速前进，新世纪后发生了两个非常主要的变化：
第 1 个变化是，关系数据库面对海量的互联网数据开始变的力不从心，为了解决海量数据的问题（当时大数据还没有像现在这么发达），不得不妥协，把单库拆分成多库，这么一拆之后，关系数据库之前以强约束，关联关系计算为卖点的特性，不再是优势(拆分之后的库无法使用这些特性，只能搞什么最终一致，Base 理论之类的聊以自慰)，这也是为啥 MySQL 这种在经典关系数据库理论看上去简直就是个残废的关系数据库大行其道的原因。同时，因为经典关系数据库的特性不再重要，关系数据库开始沦为数据仓库，选哪家的数据库就变的不再重要了，更换数据库变成了伪需求，不再存在，ORM 理论的重要来源：屏蔽各个关系数据库之间的不同点，以让用户更换数据库无忧，这一最初的重要需求，不再存在。
第 2 个变化是，进入新世纪后，SQL 作为一个 4GL 语言的价值终于被发现，大家纷纷表示这种“do not tell me how to do,tell me what you want(不要告诉我怎么干，告诉我你要什么)”的模式真是太香了；而且一众 NoSQL 的鼓吹者们高举大旗准备驱逐关系数据库，结果闹了很久后发现自己拿 SQL 居然毫无办法，只能捏着鼻子，纷纷又开始在自己的查询器上加上了 SQL 支持。传统关系数据库是没落了，但是 SQL 以及背后承载的关系运算的思维，在新时代反而是大行其道。复杂查询直接上 SQL 那感觉是真香，连新普的大数据从业者都自嘲自己说：后端是 CRUD Boy，我们就是 SQL Boy 。
总之，新世纪的竞争里，目前看是 SQL 赢了，ORM 的思维只比较适合无连表的 CRUD，对单表或多个单表执行 OLTP 业务，此时的 ORM 是比你写多个 insert，select 啥的方便的，但是一旦涉及到复杂的联表，group，having 查询，大家否纷纷直接上 SQL 更方便。
另外从业界的进化你也可以看得出来，纯正的 ORM，在 Hibernate
和.Net Entity Framework 之后几乎就没有再看到出名的了，JPA 则是从 Hibernate 发展来的，可以看做延续和强化，但本质不会变。但是各种"SQL 工具类"型的查询库，还在层出不穷的出，而且这些工具并非墨守成规，Ruby on Rails 开历史先河，吸收 ORM 对单表查询很友好这个优势，发展出了 Active Record 这种即可以从单表结构直接映射出对象，并可以在查询的时候以链式调用的方式注入查询条件；同时，都保留了能够方便自定义 SQL 的能力。其它 Sql 工具一看纷纷跟进，包括现在 Mybatis 的几个强化工具都是这个思路。
所以我觉得接下来一段比较长的时间，除非出现新的变革，占优势的应该还是各种更亲和 Sql，但是同时具备表映射对象能力的各种 SQL 帮助工具。