Blosum

定义 Definition

BLOSUM（常写作 BLOSUM）是生物信息学中的替换矩阵（substitution matrix），用于在蛋白质序列比对时给“某个氨基酸替换成另一个氨基酸”的情况打分，从而帮助判断两段序列的相似性与可能的进化关系。最常用的是 BLOSUM62。（该词在日常英语中不常用，主要出现在计算生物学语境。）

发音 Pronunciation (IPA)

/ˈbloʊsəm/

例句 Examples

BLOSUM62 is commonly used to score protein sequence alignments.
BLOSUM62 常用于给蛋白质序列比对打分。

When the proteins are more distantly related, a different BLOSUM matrix may produce a more reliable alignment and improve BLAST search sensitivity.
当蛋白质的亲缘关系更远时，选择不同的 BLOSUM 矩阵可能得到更可靠的比对，并提高 BLAST 搜索的灵敏度。

词源 Etymology

BLOSUM 是缩写，来自 BLOcks SUbstitution Matrix（“区块替换矩阵”）。它最初基于保守的蛋白质序列“区块（blocks）”统计得到不同氨基酸替换的频率，并将其转化为对数几率（log-odds）分值，用于序列比对与数据库检索。

相关词 Related Words

• Blast
• Alignment
• Substitution
• Matrix
• Pam
• Score
• Homology
• Sequence

文学/著作中的出现 Notable Works

• Henikoff, S. & Henikoff, J. G. (1992), “Amino acid substitution matrices from protein blocks”（提出 BLOSUM 矩阵的经典论文，PNAS）
• David W. Mount, Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis（常在讲解序列比对与评分矩阵时提到 BLOSUM）
• Philip E. Bourne & Helge Weissig (eds.), Structural Bioinformatics（在蛋白质结构与序列分析章节中常出现 BLOSUM 与相关比对方法）