Position Weight Matrix

释义 Definition

位置权重矩阵（常缩写 PWM）：生物信息学中用于描述序列基序（motif）的一种矩阵表示法。它按序列的每个位置统计（或估计）各个字母/碱基（如 A/C/G/T，或 20 种氨基酸）的偏好程度，常用概率或对数优势比（log-odds）来表示，从而可用于打分判断一段序列是否可能匹配某个基序（例如转录因子结合位点）。

发音 Pronunciation (IPA)

/pəˈzɪʃən weɪt ˈmeɪtrɪks/

例句 Examples

The researcher built a position weight matrix to represent a DNA motif.
研究人员构建了一个位置权重矩阵来表示一个 DNA 基序。

Using the position weight matrix, we scanned the genome and ranked candidate binding sites by score.
我们使用位置权重矩阵扫描基因组，并按得分对候选结合位点进行排序。

词源 Etymology

该术语由三部分组成：position（位置） + weight（权重） + matrix（矩阵）。含义直观：在序列的每个“位置”上，用“权重”表示各字母出现的偏好，并把这些权重按位置与字母排成一个“矩阵”。它在序列分析、模式识别与计算生物学中广泛使用；在一些文献中，PWM 与 PSSM（position-specific scoring matrix，位置特异性打分矩阵）概念相近，具体差异取决于是否使用概率、频率或 log-odds 表达。

相关词 Related Words

• Motif
• Consensus
• Pssm
• Profile
• Log-Odds
• Transcription
• Binding
• Genome
• Hmm
• Sequence

文献作品 Literary / Notable Works

• Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids（Durbin 等）：在序列建模与打分的语境中讨论与 PWM/PSSM 相关的方法。
• Bioinformatics and Functional Genomics（Jonathan Pevsner）：在基序发现与转录调控分析中涉及 PWM 的使用。
• Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach（Pavel Pevzner）：在算法化的序列模式识别与基序分析章节中常提及类似矩阵模型与打分思想。