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Sequence Logo

定义 Definition

sequence logo(序列标识图/序列图标):生物信息学中用来展示一组对齐后的 DNA/RNA/蛋白质序列在各位置上碱基/氨基酸的保守性与频率的图形。通常每一列字母的总高度代表该位置的信息量(保守程度),字母大小代表出现频率。
(也可在其他语境中泛指“序列的图形标志”,但最常见用法是上述生物信息学含义。)

例句 Examples

A sequence logo shows which amino acids are most common at each position.
序列标识图展示了每个位置上最常见的氨基酸是什么。

After aligning the binding sites, we generated a sequence logo to visualize conserved nucleotides and infer the motif recognized by the transcription factor.
在对齐这些结合位点后,我们生成了序列标识图,用来可视化保守的核苷酸,并推断该转录因子识别的基序(motif)。

发音 Pronunciation

/ˈsiːkwəns ˈloʊɡoʊ/

词源 Etymology

sequence 来自拉丁语 sequentia(“连续、跟随”),强调“按顺序排列的一串元素”;logo 在这里不是“品牌商标”的日常含义,而是指一种“图形化呈现”。“sequence logo”这一术语在生物信息学中被用来指代把序列统计信息以“字母堆叠图”的方式可视化的图。

相关词 Related Words

文学与著作中的用例 Literary Works

  • **Schneider, T. D. & Stephens, R. M. (1990). “Sequence Logos: A New Way to Display Consensus Sequences.” Nucleic Acids Research.**(提出并系统阐述 sequence logo 的经典论文)
  • **Crooks, G. E., et al. (2004). “WebLogo: A Sequence Logo Generator.” Genome Research.**(常用工具 WebLogo 的代表性论文)
  • **Durbin, R., Eddy, S., Krogh, A., Mitchison, G. Biological Sequence Analysis.**(讲解序列模型、基序与相关可视化思想的经典教材,常在相关章节引用/讨论此类表示法)
  • **Mount, D. W. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis.**(生物信息学教材中常在基序与序列分析部分出现/使用 sequence logo)
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