电脑没怎么用过 PDF 标注不好说。
iPad 上的话，你的全部要求 marginnote3 都能满足（ 2 删了不知道），可以标注画图功能很全，就是手写优化不是很好，可以导出 PDF 到 evernote，甚至可以导出 word 。不过这个 APP 的主要功能是思维整理，一本书的内容裁剪下来成为卡片导出 anki 或者形成思维导图
至于 ipad 手写优化好的 notability，手写画图优化比较好，但是导出格式 PDF 只能传到 Google drive，onedrive 上。
我买的价格我记得 marginnote3 是八九十，notability 是六十。marginnote3 也有 mac 版，mac 可以买激活码，iPad 内购的没法在淘宝一块钱嫖好多了。